为了更好地协调和开展我国智能交通规划和建设工作，2000年科技部牵头会同原国家计委、原国家经贸委、公安部、原交通部、铁道部等十多个相关部门，联合成立了全国智能交通系统协调指导小组及办公室，后随着政府机构的改革，增加了原建设部、原民航总局、财政部和总后勤部四个新成员单位。“十五”期间，协调指导小组成员单位在我国智能交通系统规划和建设中发挥了重要的协调和推进作用。
鉴于协调指导小组是由政府部门组成的临时机构，开展工作缺乏系统性和连续性，特别是在国际会议和交流合作方面有诸多不便，我国交通管理部门曾多次建议希望由科技部牵头在协调指导小组的基础上成立“中国智能交通协会”，并成立由科技部、公安部、原建设部、原交通部、铁道部、原民航总局等交通行业主管部门有关负责人组成中国智能交通学会筹备工作组。
2007年3月，科技部向民政部正式提出申请成立“中国智能交通协会”。 2007年11月，民政部批复同意科技部正式开展协会筹备工作。2008年5月14日，中国智能交通协会成立大会暨第一届理事会全体会议在北京召开，中国智能交通协会正式成立。
